Algebraické okno
Prostřednictvím vstupního řádku (Vstup:) je možné do GeoGebry přímo vkládat algebraické výrazy. Po stisknutí klávesy Enter se zde zapsaný algebraický výraz objeví v Algebraickém okně, zatímco jeho grafická reprezentace se automaticky zobrazí na Nákresně v Grafickém pohledu.
V Algebraickém okně jsou matematické objekty organizovány jako volné objekty nebo jako závislé objekty. Pokud vytvoříme nový objekt zcela bez použití již vytvořených objektů, bude zařazen jako volný objekt. Pokud k vytvoření nového objektu využijeme již existujících objektů, bude tento objekt označen jako závislý.
Tip: Pokud chceme skrýt algebraickou reprezentaci objektu v Algebraickém okně, je možné objekt specifikovat jako Pomocný objekt: Klikněte pravým tlačítkem myši (Mac OS: Ctrl-klik) na odpovídající objekt v Algebraickém okně a vyberte Vlastnosti z Kontextového menu, které se objeví. Na kartě Základní dialogu Vlastnosti je možné objekt specifikovat jako Pomocný objekt. Standardně nejsou pomocné objekty zobrazovány v Algebraickém okně, ale toto nastavení lze změnit výběrem Pomocných objektů v menu Zobrazit (volbu zobrazení pomocných objektů vyvoláme pravým kliknutím na Algebraické okno).
Poznamenejme, že objekty můžeme v Algebraickém okně také modifikovat: Nejprve je třeba mít aktivován nástroj 
Ukazovátko, poté provedeme dvojklik na volný objekt v Algebraickém okně. V textovém okénku, které se objeví, je možné přímo upravit algebraickou reprezentaci objektu. Po stisknutí klávesy Enter se grafická reprezentace objektu automaticky přizpůsobí provedeným změnám.
Po dvojitém kliknutí na závislý objekt v Algebraickém okně se objeví dialogové okno, v němž je možné objekt předefinovat.
GeoGebra rovněž nabízí širokou škálu příkazů, které je možné zadat do vstupního řádku (Vstup:). Přehled všech příkazů se otevře po kliknutí na příslušné tlačítko napravo od Vstupního řádku. Po výběru příkazu z tohoto seznamu (nebo po jeho přímém napsání do Vstupního řádku) můžeme stisknout klávesu F1 pro získání informací o syntaxi příkazu.
Formátovací panel
Tento Formátovací panel obsahuje dvě tlačítka.
Pomocné objekty- přepnutím tohoto tlačítka zobrazíme či skryjeme Pomocné objekty.
Třídit objekty dle typu- Když je toto tlačítko zapnutém objekty jsou roztříděné podle typu (např. Body, Přímky, …), v opačném případě jsou rozděleny na Volné, závislé a pomocné objekty.
