設定ダイアログ
このダイアログは，オプションメニューの
上級 を選択するか，ツールバーの 設定 アイコンをクリックすることで利用できる．
このダイアログはさまざまなセクションに分かれており，アクティブなオブジェクトやビューに応じて表示される： 
プロパティ，
グラフィックス，
CAS，
表計算 ，
レイアウト，
デフォルト， 
上級 セクションがある．
プロパティ
このセクションでは，オブジェクトのプロパティを変更することができる．アイコンをクリックすると，オブジェクトの
プロパティダイアログが表示される．
グラフィックス
このセクションは， グラフィックスビュー がアクティブな場合にのみ表示され，背景色，軸，グリッドなどの設定を定義することができる．詳細は，グラフィックスビューのカスタマイズを参照．
CAS
このセクションは CASビューがアクティブな場合にのみ表示され，以下のことができる：
- CAS 計算のタイムアウトを秒単位で設定する．
- 有理数の指数の表し方を設定する．
表計算
このセクションは， 表計算ビューがアクティブな場合にのみ表示される．ここではスプレッドシートをカスタマイズし，入力バー，グリッド線，列/行ヘッダー，スクロールバーの環境設定を行うことができる．ボタン，チェックボックス，ツールチップを有効／無効の設定もできる．
レイアウト
このセクションでは，GeoGebraウィンドウの主要コンポーネントのレイアウトをカスタマイズできる．入力バー，ツールバー，サイドバーの位置や，スタイルバーとタイトルバーの表示・非表示も設定できる．
既定値（デフォルト）
このセクションでは，GeoGebra のすべての数学オブジェクトの外観とスタイルをカスタマイズできる． ダイアログウィンドウの左側には，利用可能な全てのオブジェクトのリストが表示され，右側には プロパティダイアログ のタブがあり，そこではすべての数学オブジェクトの表示・非表示，色，スタイル，そして数式設定を行うことができる．
上級
このセクションには，以下のような詳細な全体設定が含まれている：
- 角度単位: 度 と ラジアン の切り替え
- 直角スタイル: 直角の記号を選べる
- 座標: 座標がどのように表示されるか定義する
- 連続性: 連続性が オン の場合，GeoGebraは新しく計算された点を元の点の近くに配置しようと試みる
- パスと領域バラメータを利用: このオプションのオンとオフを切り替えることができる
- 仮想キーボード: 仮想キーボード の言語，幅，高さ，透過率をを設定する
- チェックボックスの大きさ: 通常 のチェックボックスと 大きな チェックボックスの切り替え
- フォントサイズ: メニューのフォントサイズを設定する
- ツールチップ（ヒント）: ツールチップの言語 とタイムアウトを設定する
- 言語: 言語の標準に従った数字と点の表記を使用する
